环调院内设机构有行政办公室、党委办公室、总工程师办公室、矿产资源调查所、水资源与环境调查所、碳中和地质研究所、矿产资源保护利用研究所、地质数据信息所、航测遥感所、财务资产科、组织人事科、事业发展与规划科、安全生产设备科、纪检审计科、运行保障科15个科室（所）。

（一）行政办公室

负责行政管理的日常事务；督导落实院务会部署要求；机要、OA、保密、档案、印章管理等内部行政管理；行政公文、审核、信息公开；信访、会务、接待、公务用车、办公用品、值班值守安排等工作；院交办的其他工作。

（二）党委办公室

在院党委领导下处理日常工作，贯彻执行、督导落实院党委的工作安排；负责组织、安排党委各种会议、学习和重要活动；院党委文件的起草和党内文件的运转；党员发展、管理和教育；指导党支部各项工作；宣传和工青妇团工作；管理党委印鉴；院党委交办的其他工作。

（三）总工程师办公室

协助总工程师对全院技术、科研工作进行日常管理；负责制订院技术、科研管理制度和办法；组织财政项目、院科研和技术创新项目立项；项目质量管理，组织开展项目设计、外业、报告的院内部评审验收；科技创新管理，组织技术研讨、对外技术交流、技术类评奖等工作；院交办的其它工作。

（四）矿产资源调查所

负责矿产地质勘查、评价及技术研究；矿山地质环境、灾害地质调查评价及测绘等工作；院交办的其他工作。

（五）水资源与环境调查所

负责水文地质、环境地质、工程地质、城市地质等基础地质调查及相关技术研究；承担水文水资源评价、水土污染调查评价、生态环境及生态资源调查评价等工作；院交办的其它工作。

（六）碳中和地质研究所

承担二氧化碳地质封存、岩溶碳汇、矿物碳汇等地质领域碳汇资源评价、固碳增汇技术研究与应用；为碳捕集利用与封存技术的区域规划和集成示范提供技术服务；开展碳核算、碳管理等工作；院交办的其它工作。

（七）矿产资源保护利用研究所

开展矿产资源合理开发利用和保护政策、指标、标准研究，分析省内外矿业发展相关理论、方法和技术；承担矿产资源开发利用水平调查评估，矿产资源节约和综合利用先进适用技术推广等工作，为相关项目提供技术支撑；院交办的其它工作。

（八）地质数据信息所

利用机器学习、地质大数据开展信息化、智能化地质，服务经济社会发展；承接局信息化任务;做好地质数据的挖掘、分析、应用等工作；院交办的其它工作。

（九）航测遥感所

承担全院地质环境监测、资源调查等工作中的遥感任务；负责遥感数据的获取、处理、分析与应用服务；研究卫星遥感及无人机航测技术应用；院交办的其它工作。

（十）财务资产科

负责财务核算和国有资产的管理；财政预决算编制与执行管理等工作；院交办的其他工作。

（十一）组织人事科

负责组织人事和劳动管理；退役军人管理；人才培养等工作；院交办的其他工作。

（十二）事业发展与规划科

负责行业分析与政策研究；招投标管理、合同管理、资质管理、经济指标量化考核、项目成本核算、事业发展、应收款回收及项目跟踪服务；质量、环境、职业健康和安全的目标、指标和管理等工作；院交办的其它工作。

（十三）安全生产设备科

负责安全生产管理、设备采购与管理等工作；院交办的其他工作。

（十四）纪检审计科

负责监督执纪问责和内部审计等工作；院交办的其他工作。

（十五）运行保障科

负责房产设施日常管理；水电暖等设施的保养和维护；办公网络日常维护；职工食堂管理、办公环境保护保卫等工作；协调物业相关事宜；院交办的其他工作。